Este órgano fue creado por el Consejo Superior tiene como objetivo el cumplimiento de la función principal de la Fundación, la investigación científica en odontología; que favorezca el desarrollo de los programas de formación de especialistas en diferentes áreas de las ciencias odontológicas, generando nuevos conocimientos y avances tecnológicos que contribuyan a resolver problemas clínicos, epistemológicos y administrativos en el campo de la salud oral.

Es el órgano encargado de proteger los derechos, dignidad, seguridad  y bienestar de los seres humanos que participan en las investigaciones realizadas por estudiantes y docentes dentro de la institución,  de acuerdo con la normatividad nacional e internacional vigente, así como velar por el adecuado cuidado de los animales cuando estos puedan estar involucrados en los proyectos.